Açık kaynak yazılımları sağlık kurum ve kuruluşlarına esneklik ve ölçeklenebilirlik sağlarken aynı zamanda en son teknolojilerden yararlanma imkanı sunuyor. Bu yazıda Covid-19 hızlı tanı kitlerinden evde biyoloji deneylerine açık kaynak kullanan bazı projelerden örneklere yer verdik. Ülkemizden yerel örneklere ilham olması umuduyla…
Bir sağlık kuruluşunun hasta nezdinde tercih edilmesindeki en önemli nedenlerin başında kurumda görev yapan donanımlı sağlık çalışanları kadar altyapısına yaptığı yatırım da geliyor.
Hastanede verilen hizmetin kalitesini geliştirmekten hasta güvenliğine, finansal sürdürülebilirlikten iş yapma becerisine kurumun sağlıklı ve verimli bir işleyişe sahip olması için olmazsa olmazlardan biri de bilişim teknolojilerini etkin kullanma becerisi.
Açık kaynak yazılımları, tüm dünyada sağlık kurumlarının IT maliyetlerini azalttığı ve aynı zamanda yeni teknoloji çözümlerine adaptasyonda kuruma çeviklik kabiliyeti kazandırdığı için her geçen gün daha fazla kullanılıyor. Zira açık kaynak yazılımlarını tercih edilir kılan en önemli özellik satıcı, hizmet sağlayıcı ve geliştiriciler arasında işbirliğini teşvik etmesi ve kod paylaşımı ile teknoloji altyapısını sürekli geliştiriyor olması.
Bu işbirliği stratejisi sayesinde sağlık sektörü ileri teknolojinin sunduğu yeniliklerle çok daha hızlı tanışıyor.
Açık kaynak neden cazip?
Eğer bir yazılım aracı açık kaynak olduğunu söylüyorsa bu, kaynak kodunun herkes tarafından erişilebildiği anlamını taşıyor. Bu da aynı standardı kullanan çok sayıda platformun yaratılmasını ve geliştirilmesini teşvik ediyor.
Nihai kullanıcının koda erişimine izin veren özel yazılımlardan farklı olarak, açık kaynak yazılımı bir lisans anlaması çerçevesinde nihai kullanıcıların kaynak koduna erişmesini ve onu modifiye etmesini olanaklı kılar. Kaynak koduna erişim ise geliştiricilerin ihtiyaçlarını karşılamak veya teknoloji geliştirmek için yeni makine kodu yapmalarına imkan tanır.
Açık standartlar, rakip platformlar oluşturmak yerine aynı standardın rakip uygulamalarını teşvik eder. Journal of Medical Internet Research tarafından hazırlanan rapor açık standartlar ve açık kaynak yazılımın avantajlari üzerine çok kapsamlı bir analiz sunuyor. Bu analizi merak edenler https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3221346/ linkinden rapora ulaşılabilir.
Burada da değinildiği üzere açık kaynak yazılımın sahibi vatandaşlar ve en geniş anlamıyla toplum iken özel /kapalı yazılımın mülkiyeti genellikle tek bir şirket veya bir hissedar grubuna aittir. Geliştirilen ürünün temelleri pazardaki benzerleri üzerinden oluşturulurken; açık kaynakta mevcut test edilmiş kod tabanı kullanılarak oluşturulur. Özel /kapalı yazılımda ürün veya uygulamanın entelektüel girdisi dar bir ekibin insiyatifine bağlıyken; açık kaynak yazılımda entelektüel girdi ortak akılla üretilir.
Rapora göre açık kaynağın tüketici tarafındaki en önemli artılarından biri de tüketiciyi belli sektörlerdeki tekellerden korumasıdır.
Peki, açık kaynak sağlık sektörü için ne kadar güvenli?
Red Hat Healthcare Direktörü Craig Klein’a göre bundan beş yıl öncesine kadar kuruluşlar açık kaynakla güvenlik konusunda endişeliydi. Ancak bu yersiz bir kaygı çünkü aynı kodu kullanan o kadar çok insan var ki, açık kaynak kodu özel bir koddan çok daha güvenli durumda.
Zira kaynak kodu üzerinde çalışan daha fazla kişinin olması, geliştiricilerin bir siber saldırıdan sonra kodu hızla değiştirebileceği ve güvenliği artırabileceği anlamına geliyor. Bu da kuruluşların ağ güvenliği konusunda daha proaktif olmalarını sağlıyor.
Kısacası açık kaynak, günümüzde özellikle birlikte çalışılabilirlik temeli çerçevesinde sağlık hizmetlerinde inovasyonunun anahtarı konumunda. Ayrıca kuruluşlara eski sistemleri kullanırken yeni teknolojiyi kullanma fırsatı da veriyor. Açık kaynakta benzer bir problem üzerinde çalışan birden fazla kişi söz konusu. Hekim ve klinisyenler açık kaynak geliştirme modelini özümsediklerinde sağlık hizmetlerinin de verimliliği artıyor.
Uzmanlara göre açık kaynak, sağlık kuruluşlarına IT altyapıları üzerinde daha iyi kontrol sağlıyor. Açık kaynak yazılım çözümleri kullanan sağlık kuruluşları esnek bir IT altyapısı oluşturabiliyor ve altyapı çözümleri üzerinde yüksek kontrole sahip olma imkanı elde ediyorlar.
Şimdi de gelelim, sağlık hizmetleri için geliştirilmiş; dünyadan açık kaynak temelli projelerden bazı örneklere…
Opentrons: Günde 2400 adet PCR testi
Laboratuvar otomasyon platformu. Platform bir dizi açık kaynaklı donanım, doğrulanmış laboratuvar gereçleri, sarf malzemeleri, reaktifler ve iş istasyonlarından oluşuyor. Opentrons, günde 2.400 testi otomatikleştirebilen sistemlerle COVID-19 testini önemli ölçüde yaygınlaştırmayı amaçlıyor.
Chai Open qPCR: Yüzeylerdeki virüsü tespit ediyor
Koronavirüsü kapı kolları ve asansör düğmeleri gibi yüzeylerden alınan örneklerle tespit eden hızlı bir PCR kiti. Chai Open qPCR’den elde edilen veriler, halk sağlığı, tesis temizliği, kapasite azaltma, tesis açılış-kapanış saatleri gibi konularda karar almayı kolaylaştırıyor. Chaibio, temel biyoinformatik algoritmalarını açık kaynak haline getirerek araştırmayı teşvik ediyor ve açık kaynak topluluğunu destekliyor.
OpenPCR: Koronavirüs için çevresel test cihazı
OpenPCR, Chai Open qPCR’nin yaratıcıları Josh Perfetto ve Jessie Ho’nun geliştirdiği bir PCR test cihazı kiti ve sahada koronavirüsü tanımlamak için çevresel testler geliştiriyor. OpenPCR, kullanıcıların oluşturduğu ve GPLv3.0 lisansı altında paylaşılan bir kit ve moleküler teşhise erişimi demokratikleştirmeyi amaçlıyor.
PocketPCR: Evde Biyoloji
Gaudi Labs’ın PocketPCR ısısal döngü cihazı, küçük test tüplerinde bir sıvının sıcaklığını yükseltip düşürerek biyolojik reaksiyonları etkinleştirmek için kullanılıyor. Bilgisayar veya akıllı telefon gerektirmiyor. Önceden ayarlanmış parametrelerle, bir cihaza bağlı veya kendi başına basit bir USB güç adaptörüyle çalıştırılabiliyor. Taşınabilir ve kompakt cihaz mutfağında bir DNA başlangıç kiti ile Kendi Kendine Biyoloji yapmak isteyen herkes için tasarlanmış.
Folding at Home: Milyonu aşkın gönüllü işlemcinin katkısı var
Folding at Home, protein katlama süreci ve çeşitli hastalıklarda rol oynayan proteinlerin hareketleri dahil olmak üzere protein dinamiklerini simüle etmek için dağıtılmış bir hesaplama projesi.
Büyük hesaplamaları yapmak için çok yüksek maliyete sahip bir süper bilgisayar yerine, dünya yüzüne yayılmış gönüllülerden oluşan bir kişisel bilgisayar ağına, hesaplama işlerini dağıtarak çalışan bir sistem olan Folding at Home projesine başladığı tarih olan Ekim 2000’den beri bir milyondan fazla işlemci katılımda bulunmuş. ‘’Birlikte Güçlüyüz’’ mottosundan yola çıkan Folding at Home, Hong Kong, Hırvatistan, İsveç ve ABD olmak üzere birçok ülkeden akademik laboratuvar, bilim insanları ve kurumsal sponsorlardan oluşan bir konsorsiyum bünyesinde devam ediyor. https://foldingathome.org/
Küresel platformda sağlık sektörü özelinde uygulanmakta olan on binlerce açık kaynaklı proje söz konusu. Kısaca özetlemeye çalıştığımız yukarıdaki örneklerin yanı sıra, hali hazırda Covid-19 pandemisiyle mücadele eden çok sayıda açık kaynak projesi mevcut. İşte bunlardan bazılarını, incelemek isteyenlerin dikkatine sunuyoruz.
Helpful engineering by ProjectOpenAir
Open source ventilator hackathon on Hackaday
Specifications for simple open source mechanical ventilator by Johns Hopkins emergency medicine resident Julian Botta
Coronavirus-related phishing, malware, and randomware on the rise by Shannon Morse
Converting a low-cost CPAP blower into a rudimentary ventilator by jcl5m1
Forum A.I.R.E. discussion on open respirators and fans (Spanish/español)
Special Issue on Open-Source COVID19 Medical Hardware by Elsevier HardwareX
Bu yazıda yararlanılan kaynaklar:
https://hitinfrastructure.com/features/how-open-source-software-benefits-health-it-infrastructure